Saksan tärkeimpiä maamuotoja ovat Baijerin Alppien Zugspitzen huippu, Rein- ja Tonava-joet sekä Rugenin ja Usedomin saaret. Alankotasangot ovat myös maamuotoja, jotka ovat tärkeä osa Saksan maisemaa. Ne sijaitsevat Saksan Pohjanmeren ja Itämeren rannikon pohjoispuolella.
Zugspitzen huippu on Baijerin Alppien korkein 10 000 metrin korkeudella. Sveitsin rajaa ympäröivien vuorijonojen välissä on metsää. Thüringenin metsä löytyy täältä. Lisäksi Malmivuoret erottavat Tšekin alueen Saksasta ja aluetta peittää Bohemian Forest.
Sisämaan Rein-joki on Saksan pisin joki 820 mailia. Se virtaa alas Sveitsin Alpeilta Pohjanmerelle. Schwarzwald on paikka, josta Tonava alkaa. Tämä joki kulkee 16 muun maan läpi ja kattaa 1800 mailin alueen.
Monet estesaaret ovat aivan Saksan rannikolla Pohjanmeren ja Waddenmeerin vesien välissä. Rugenin ja Usedomin saaret ovat kuitenkin suurimmat ja erottavat Saksan Pommerinlahdesta.
Saksassa on myös useita suuria järviä, kuten Muritz-järvi Chiemsee Baijerin Alpeilla ja Bodenjärvi.
