Toiminnallinen sopeutuminen on rakenne tai käyttäytyminen, joka on joskus syntynyt lajin evoluutiohistoriassa auttamaan kyseisen lajin tai sen edeltäjien selviytymistä. Esimerkiksi vedenpitävä munankuori on toiminnallinen sopeutus, joka syntyi matelijoiden keskuudessa vastauksena tarpeeseen munia kuiviin kuivuviin ympäristöihin, joissa läpäisevät munankuoret olisivat kuivuneet.
Toiminnalliset mukautukset ovat evoluution ytimessä. Luonnonvalinta suosii voimakkaasti rakenteita, jotka lisäävät organismin selviytymisen todennäköisyyttä, joten niitä esiintyy yhä suurempina määrinä sukupolvelta toiselle, kunnes ominaisuus muuttuu kiinteäksi ja jokaisella väestön jäsenellä on ne. Joskus toiminnalliset mukautukset tekevät siirtymisen toiminnosta toiseen. Esimerkki tästä ovat höyhenet. Höyhenet syntyivät mesozoic-kaudella joidenkin dinosauruslajien eristeenä. Ne toimivat eristeenä näissä lajeissa. Ajan myötä joidenkin höyhenten muoto muuttui mahdollistamaan lennon nykyaikaisten lintujen esi-isien keskuudessa. Höyhenet saivat siten uuden tehtävän lintujen evoluution aikana.
Kerran toimineet mukautukset voivat menettää toimintansa. Nämä vähäpätöiset mukautukset eivät aina ole hyödyttömiä. Ihmisen häntäluu tai hännänluu on esimerkki jäljelle jääneestä sopeutumisesta. Se toimii edelleen lihasten kiinnityspisteenä, mutta sen toimintojen katsotaan olevan huomattavasti heikentyneet esi-isien muodoista.
