Välissä olevat esteet ovat tekijöitä, jotka aiheuttavat muuttoeläimille haasteita tai estävät niitä saavuttamasta tavoitettaan. Esimerkkejä välissä olevista esteistä ovat vuoret metsät aavikot kaupungit ja vesistöt. Jotkut näistä esteistä estävät joidenkin lajien vaelluksen, kun taas ne eivät hidasta muita lajeja ollenkaan. Esimerkiksi suuri autiomaa voi estää sammakkoeläimiä tai hyönteisiä pääsemästä vaeltamaansa loppuun lintujen lentäessä sen yli.
Linnut ovat tunnetuimpia muuttajia ja he ovat erityisen taitavia harjoituksissa. Koska useimmat linnut lentävät niin hyvin, ne voivat yksinkertaisesti ylittää useimmat välissä olevat esteet. Kaikki linnut eivät kuitenkaan pysty ylittämään suuria valtameriä, ja monet rajoittuvat paikkoihin, joihin pääsee maalta. Vuoret voivat myös muodostaa merkittäviä esteitä linnuille, jotka eivät voi lentää niiden yli. Aavikkokaupungit ja joet ovat tärkeitä esteitä nisäkkäiden muuttoliikkeelle, ja usein nisäkkäiden on matkustattava paljon pidemmälle kiertääkseen tällaisia esteitä.
Ihminen voi kohdata esteitä myös muuttomatkalla. Aavikot ja vuoret ovat erityisen vaikeita kulkea ihmisten läpi, kun taas metsien ja kaupunkien ylitys on helppoa. Ajan myötä ihmiset rakensivat usein siirtokuntia tällaisten haastavien kohteiden lähelle viimeisenä pysähdyspaikkana, jossa matkustajat voisivat hankkia tavaraa ja levätä ennen vaikeita matkoja.
